清康熙八年(公元1669年)，荷兰殖民者入侵普陀，该寺除大殿未毁外，其余均荡然无存。康熙三十八年(公元1699年)，修建护国永寿普陀禅寺，并赐额“普济群灵”，始称“普济禅寺”。雍正九年(公元1731年)，扩建殿堂及用房，寺院因之规模宏大，前所未有。