拉卜楞寺下设六大学院，其中一个显密学院，五个密宗学院。分别为闻思学院（属于显宗）、时轮学院、医学院、喜金刚学院、续部上院、续部下院。拉卜楞寺将一年划分为九个学期（四年大学期、二年中学期、三年小学期）。大学期，每学期为一月；中学期，每学期为二十天；小学期，每学期为十五天。