山区气候变化无常，昼夜温差较大，是中亚热带季风气候向大陆性高原气候过渡地区。四姑娘山特殊的地理位置、气候条件、显著的垂直高差，为各类动植物提供了理想的生存环境。动植物资源非常丰富，除盛产红杉、红豆杉等珍贵树种外，还出产天麻、贝母、冬虫草等名贵药材。在这里，兽类不下60种，鸟类达2300种。是大熊猫、金丝猴、小熊猫等30多种国家保护动物的活动场所，著名的大熊猫故乡---卧龙自然保护区就设在这里。