巴丹吉林沙漠平均每10平方公里不到1人。在整个沙漠内部，仅有巴丹吉林庙和库乃头庙两大居民点。基本无种植业。全部经营牧业，骆驼为该地主要家畜，数量居中国各旗县之冠；次为山绵羊。沙漠内部无固定道路，横穿腹部异常困难，中部及东北部基本为无水区。东南部的雅布赖盐湖盛产食盐，西部的古鲁乃湖及巴丹吉林庙附近的一些湖泊内有碳酸钠的沉积。