奥斯曼土耳其人在1453年征服君士坦丁堡，苏丹穆罕默德二世下令将大教堂转变为清真寺，钟铃、祭坛、圣幛、祭典用的器皿都被移去，许多马赛克被灰泥覆盖。在奥斯曼的统治下，一些伊斯兰建筑的特色如米哈拉布、敏拜尔及外面的四座叫拜楼都先后加上。1935年，清真寺被土耳其共和国改成博物馆。