榎本武扬像箱馆战争结束之后终结了戊辰战争这场日本史上知名的内战，但是五棱郭也因为这场战事，大部分的建筑几乎宣告摧毁。原本设计是为了防止外海舰队的炮击，但是也因为火炮技术的快速进步与改良，当时的新政府日本军舰队就在总攻击时曾经炮击到五棱郭。 　　由于大多数建筑都遭摧毁，在明治4年（1872年）开始动手拆除当时的行政中心奉行馆，并将拆下后的建筑材料用于建造北海道开拓史的官舍。大正2年11月（1913年）在同址种植了一千株以上的樱花树，建造为“五棱郭公园”成为北海道知名赏樱场所，于大正3年6月（1914年）正式对外开放，至今有1,600株以上的樱花，并将粮仓改造为“怀旧馆”展示箱馆战争资料。