五棱郭当时的建造目的最主要是因为开放港口，所以需要减轻外国侵略的威胁。不过威胁的情况并不严重，后来建造的目的渐渐的演变成为了建立国家的威信。同时也因为经费不足的关系，大幅度的缩小了原本设计的样式，连半月形的堡垒也只造了一处而已。后来爆发戊辰战争，五棱郭成为最终战场，导致大部分建物损毁，成为函馆五棱郭唯一主要战役是内战。1872年（明治4年）之后拆除了原本的奉行所，五棱郭在当时转由陆军省接管，变成要塞与练兵之所。