五棱郭奉行所（明治元年冬撮影）1868年10月26日在箱馆爆发了戊辰战争的最后一场战役箱馆战争（又称五棱郭之战）。戊辰战争后期时江户幕府的海军奉行榎本武扬拒绝交出江户幕府的舰队，所以率领土方岁三、大鸟圭介等北上占领箱馆，并以五棱郭为根据地，得到法国与英国领事的承认，建立“虾夷共和国”成为总裁，副总裁为松平太郎。1869年5月11日当时的新政府军队开始对五棱郭发起总攻击，土方岁三枪战中死亡。同年5月18日由新政府军陆军参谋黑田清隆进行终战调停，终于使五棱郭开城降服，榎本武扬与大鸟圭介被捕后结束了这场内战。