玉皇阁的正殿分上中下三层阁楼（面观三层实际两层），均面宽三间，进深二间，三重檐歇山硫璃瓦顶。正脊为硫璃花脊，两瑞砌硫璃盘龙，脊上有泥塑彩色八仙人，边脊砌大吻跑兽，四角脊梢下装有兽头，悬挂铁锋。中层阁楼有四面游廊，下阁楼有前出廊。