在基地内，设有驻日美国海军的司令部、横须贺舰队基地司令部、第7潜艇群司令部、舰船修理部、补给站、工程中心、地区医疗中心等机构，驻扎的部队有：包括第7舰队旗舰“蓝岭”号指挥舰的10艘战斗舰艇、驻日美国海军通讯部队、海军陆战队（警卫队）等。